实际上自东汉末年开始，包括匈奴在内的其他少数民族纷纷涌入中原，各民族长期混居。曹操设置的派汉人监督管理匈奴制度并没有延续很久，司马家族取代曹氏建立西晋，西晋的"八王之乱"引发了后来的"五胡乱华"，西晋王朝也被匈奴族父子刘渊、刘聪掌握的汉赵灭亡。
羯人、鲜卑人与匈奴之间既混战，也融合通婚，随着匈奴在北方的衰落，鲜卑族入主中原建立北魏王朝，融入羌人、月氏人的匈奴遭遇北魏鲜卑族的连环打击，少部分融入宇文鲜卑部落；后来宇文氏建立北周，北周大臣杨坚又取而代之，结束南北朝分裂建立了大一统的隋朝。
五胡十六国、南北朝是中国历史上的民族大融合时期，匈奴与其他民族不断冲突又不断相融，实际上已经汉化。也就是说，匈奴民族虽然消失在中国北方，但人口并没有消失，他们如今并不属于任何一个单一民族，而是和华夏族融合在了一起，成为无法分割的一部分。
