在那以后，御史中丞吕诲上书"请中书、枢密院合议"，越来越多的高级官吏加入到讨论的行列。枢密使陈升之、吕公弼，枢密副使韩绛议，翰林学士吕公著、韩维、钱公辅等人支持王安石。司马光的背后，也不乏支持者，如参知政事唐介、枢密使文彦博这两位重量级人物。
这些随便说一个名字出来都如雷贯耳的人物，为了一个普通农家女子的命运，在朝廷上唇枪舌剑，搞得不可开交，惊动了半个朝廷。
案子来回折腾了一年多，还是没有一个结果出来。宋神宗一看不行，下了一道敕令，规定以后遇到类似的案子，一律由皇帝来判决。最终解释权归皇帝，这样的说法似乎也没错呀。可没想到，宋神宗的赦令遭到了双方的一致反对。负责草诏的知制诰认为这道赦令不合法，干脆就不进行起草。宋神宗只好尴尬地收回这道赦令，另外下一道赦令，支持王安石的意见。
照说，依然有很多人反对宋神宗、王安石的意见，可由于王安石变法已经开始，反对变法的大臣大部分都被赶出了朝廷，他们大多数是坚持判处阿云死刑的人，使得反对的声音逐渐小了下去。最终，阿云被轻判为编管。不久，阿云幸运地遇上大赦，被释放了。
到了这里，阿云的案子似乎就应该结束了。可16年后，随着宋神宗、王安石的病逝，司马光重新执掌了大权，推动废除了宋神宗那道关于自首的诏令。有的资料说司马光还将阿云抓回来重新判处死刑，如果此事为真，司马光就太过分了。
