公元1644年3月，李自成攻入北京城，此时的崇祯帝选择了自尽身亡。那么当李自成进入到京城之后，面对的是一片狼藉。居庸关是北京城的最后一道防守，可是根本无人镇守。李自成很快就攻入了进来。可是进入城中之后，李自成看到的场面大吃一惊。
从崇祯六年到崇祯十七年间，鼠疫的范围不断扩大。发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安，之后鼠疫的范围不断扩大，最终影响到了京城地区。崇祯十四年，鼠疫已经传到了河北大名府、顺天府等地。在这时候，当地的县志记载了"瘟疫，人死大半。互相杀食"
崇祯十六年，也就是京城被攻破的前一年。京城也发生了鼠疫。对于京城的鼠疫，史书记载了"疙瘩瘟"、"疙疽病"，同时还记载了"死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。"也只有鼠疫才能够有这样的威力，即使是战争，也不会短时间造成如此规模的杀伤力。
看到这样的记载之后，就不难说明为什么明末时期的军队战斗力低下。在当时来说，驻守京城的军队也没有幸免于难。在北京的明朝军队，名义上说有十来万，大疫过后，少了一半。李自成攻入京城之后，以及后来的多尔衮等人进入京城后，都是受到了鼠疫的牵连。
在当时来说，史书记载了"崇祯十四年大疫，郡属旱蝗，群鼠衔尾渡 江而北，至无为，数日毙。"，很多古籍资料中记载了 "毒瘤杀人"、"大头瘟"、"疙瘩瘟"等记载，这就是现代人所说的鼠疫症状。鼠疫的发生让明军的战斗力受到了很大的影响。
