这里的海关，是《南京条约》的产物，由西方列强所控制。最初，海关总税务司是英国人李泰国。后来，由于李泰国在组建阿思本舰队的问题上与清廷发生严重分歧，被清廷革除职位，海关总税务司就落到另一个英国人赫德手中。从此，赫德担任海关总税务司长达半个世纪之久。
实事求是地说，赫德在海关总税务司任上还算尽职尽责。在他任职期间，海关收入连年上升。1861年，海关收入还只有552万两银子，到1910年，就增加到3534万两银子，增长了5倍多。所以，海关在赔付了第二次鸦片战争的赔款后，就成为了清朝的重要财政收入来源。
1865年，曾国藩、李鸿章等人筹建江南机器制造总局，需要启动经费共计54.3万两银子。这笔费用的来源，就是上海海关。不仅如此，江南机器制造总局运行期间，依然严重依赖海关。从1867年到1904年，江南机器制造总局就从海关获得了2528万两银子。
