秦琼从王世充处抛妻投唐时，李渊曾对他表示："卿不恤妻子而来归我，且又立功，使朕肉可食，当割以啖尔，况子女玉帛乎！"，并且李渊在他执政的时候也基本上做到了，秦琼被允许跟随李世民作战，李渊在他立了功后从来都是大加封赏，给予实权，爵位也做到了异姓臣子的顶峰，可以说，李渊对只是一个降将的秦琼是有恩的，还是很深的恩情。
在这种情况下，不管秦琼是否如演义中写的那样有真义气，或者是假义气，都不太可能参与明显是要对付李渊指定的继承人的"玄武门之变"，那相当于是背叛李渊，而没有参与政变就是不支持李世民，那么在凌烟阁上的排名当然不会高，能挤进排行榜中，估计已经是李世民看在秦琼曾经随他东征西讨且屡立战功的份上了。
当然，也有可能是秦琼参与了"玄武门之变"，毕竟史书都没有说清楚，可实际上，参与比不参与还差，因为参与了政变是对李世民有功，但对李渊就是有愧，李世民不是笨蛋，心中也是有杆秤的，李渊对你这么好，你能背叛他，那么将来是否也会背叛自己？那么对秦琼的感官也会严重下降，贞观年间没有重用秦琼也就说得过去了。
