而在南宋灭亡前夕，即使在临安被攻占，谢太后下旨投降后，淮南地区仍有不少士兵和军官拒绝投降。比如像李庭芝、姜才部，在山穷水尽之际仍战斗到最后一刻。在崖山抵抗到最后的张世杰的军队中，主力也是淮军。当然，淮兵强悍的战斗力不是没有代价的。他们由于和北宋时代的西军一样，因为特殊的地理位置导致当地的战区化。这也严重影响了淮河流域经济发展。
不少曾经繁华的名城变成军事堡垒。比如曾经闻名天下的大都市扬州，在历次战火中就不复的当年繁华。同时，南宋淮军的历史终结于泉州之变。在泉州之变中，泉州市舶司使蒲寿庚，为了向蒙古人投降，除了杀害在泉州的南宋宗室（南外宗室三千余人，悉为其（蒲寿庚）害）外，还还屠杀了留在泉州城内的淮军。
虽然南宋淮军最终没有挡住元军的铁蹄，但是如开头所说，在元末淮军再次雄起，帮助明朝推翻了元朝的统治，创下了"淮北劲旅，虽燕赵之精骑不及也"的赫赫威名。
