随后，建文帝、杨应能和叶希贤三人乔装打扮成僧人的模样准备逃出皇宫。当时。大殿内还有五六十人，都表示愿意追随建文帝逃亡。建文帝认为。人多容易引起怀疑，所以仅仅带了九个人打算从鬼门逃走。当建文帝等人来到鬼门时，神乐观道士王升早已在鬼门等候建文帝。一见到建文帝，王升连忙叩头说："臣之所以知道陛下会来，是因为高皇帝托梦给臣，令臣在此恭候陛下！"随后，众人乘船来到太平门。在王升的引领下，来到了神乐观。就这样，建文帝逃出了皇宫。
不过，《明史纪事本末》的记载有多处疑点：
其一，朱元璋留下匣子的目的是为了让建文帝逃命。面对生死攸关之事，朱元璋为什么仅将匣子的秘密告诉一个太监而不告诉建文帝呢?
其二，按常理说，建文帝拿到匣子后，应当先打开匣子，看看里面有什么锦囊妙计，然后再见机行事，但建文帝和诸位大臣并没有这样做，而是先放火烧宫。然后才打开匣子。不合常理。
