再者，农民起义军首领的先后死亡，也对起义军士气造成了极大打击。"天公将军"张角、"地公将军"张梁、"人公将军"张宝，他们的称号以及宣传，是有封建迷信的成分在里面的。可张角在起义期间病死，接过领导权的张梁、张宝又先后战死，这无疑加重了起义军的迷茫，打击了士气。同时，失去了起义领袖的义军，战斗力也大打折扣。
综上所述，黄巾军主力很快被镇压下去。但东汉政府对农民的压榨并没有停止，失去土地的农民状况也没有改善。流民的土地得不到解决，起义的大火便不会扑灭。而各地的豪强和地主武装，也趁机大力发展自己的势力，形成了各种割据政权。一直到了后来，曹操开始实行屯田制度后，农民起义的根源才算被彻底解决。
