慈禧太后在甲午之战前夕，为了庆祝六十大寿而挪用海军费用，并要求修缮颐和园。翁同龢看不惯慈禧的做法，认为国难当头，应该节省不必要的开支，因而拒绝拨款。慈禧碰钉子了会怎么想？你翁同龢算哪根葱，给你根鸡毛，你还真的当令箭了，迟早有一天罢免你。
第二种说法是，翁同龢的开缺虽然有慈禧的意见，但光绪也是同意的。
在开缺之前，翁同龢对于康有为的学术主张并不完全认可，他觉得康有为是一位"说经家之野狐禅"。所以，当光绪要翁同龢传旨康有为，上呈其有关变法的著作的作品，翁同龢拒不接受，甚至抨击康有为"居心叵测"，结果引起光绪皇帝对他的不满。
当慈禧要赶走翁同龢，光绪也觉得与翁同龢君臣意见不合，不如干脆让他回家。
