就在《定国是诏》颁布的的第四天，翁同龢突然接到谕旨。那天清晨，翁同龢与其他军机大臣在颐和园军机公所值房听宣，但值班的太监只让军机大臣到仁寿殿觐见，翁同龢被拒之门外。凭借多年的为官经验，翁同龢有种不祥的预感。果然，过了一会，御前大臣、军机大臣先后退朝，当值太监出来宣旨，翁同龢下跪听宣：
"协办大学士翁同龢近来办事多不允协，以致众论不服，屡经有人参奏，且每于召对时咨询事件任意可否，喜怒见形于词色……翁同龢著开缺回籍，以示保全。钦此。"
翁同龢的开缺，是晚清朝堂的一件大事，一时朝野议论纷纷。关于他开缺的原因，直到今天也是众说纷纭。
第一种说法是，完全出自慈禧的意见，她强迫光绪下令，将翁同龢开缺。
