但是，这两股势力的平衡，随着袁崇焕升任蓟辽督师而发生变化。由于皮岛的特殊位置等各方面的原因，使得皮岛的毛文龙变得骄横跋扈，根本不服从袁崇焕的节制。袁崇焕为了控制皮岛势力，设计斩杀了毛文龙。
可结果就导致了皮岛势力的哗变，而这件事也成了后来崇祯皇帝杀袁崇焕的理由之一。毛文龙死后，皮岛军队哗变，朝廷派遣孙元华担任皮岛总兵，节制皮岛军队。
就在这个时候，毛文龙旧部孔有德、李九成、耿仲明三人被孙元华收为麾下。但这是三个人一直对毛文龙之死耿耿于怀，他们一直认为"文龙无罪，横受屠酷"。
甚至为了感恩毛文龙的赏识，这三人还一度改姓为"毛"，直到毛文龙被杀后才改回来。所以，孙元华收下这三个人等于是收下了三颗定时炸弹，这就为吴桥兵变埋下了导火索。
