654年唐高宗李治巡幸万年宫，薛仁贵护驾从行。有天夜里天降大雨，山洪暴发，大水冲至万年宫北门，守卫将士尽皆逃散，身在万年宫的李治处境危险。薛仁贵冒死登门框向皇宫大呼，警示内宫。李治因此得以躲过一劫。李治感恩道：幸亏有你我才避免被淹没。
657年闰月右屯卫将军苏定方进军西突厥，征讨反叛的阿史那贺鲁。薛仁贵上疏建议李治把汉兵中有在贺鲁部得到被贺鲁俘获的泥熟部众的家眷，将他们还给泥熟部的人。李治按照薛仁贵的意见去做了。泥熟部的人请求跟随唐军效命。
658年程名振征讨高句丽，薛仁贵为其副将。薛仁贵于贵端城击败高句丽军，斩首三千余级。
659年薛仁贵又和梁建方、契必何力等与高句丽大将温沙门战于横山。当时薛仁贵手持弓箭一马当先，冲入敌阵，所射者无不应弦倒地。他又与高句丽军战于石城，遇善射敌将，杀唐军十余人，无人敢挡。薛仁贵见状大怒，单骑突入将其生擒。薛仁贵又与辛文陵在黑山击败契丹。战后他因功拜左武卫将军。
