秦琼作为李世民的马军总管，匹马长枪所向无敌，是李建成和李元吉十分忌惮的角色，也是斩杀李世民最大的阻碍，如果秦琼出现在李世民的身边，玄武门之变很有可能就不会发生，或者说失去了突然性，因为知道秦琼出现在李世民的身边，李建成和李元吉二人总是会多加防备的。
所以说，即使是秦琼排在了凌烟阁24功臣中的最后一位，也不存在与李世民杀他的理由，之所以排名如此之底的原因在于，秦琼早年的战绩都是在武德年间完成的，而进入贞观年间之后，由于身体有样，被李世民留在了长安城，没有让其继续统兵作战，失去了作战立功的机会，同时秦琼过早的离世也是其位置偏低的原因之一。
