锦衣卫效忠皇帝一人，可明末崇祯亡国，自缢煤山之时，为何不见锦衣卫护驾救君？明朝灭亡后，他们又去了哪？崇祯亡国之时，锦衣卫依然存在，崇祯对他们也极为信任。崇祯年间，巡捕营抓到一个木匠，说是袁崇焕在北京刺探军情的奸细。锦衣卫指挥同知李若琏忠君爱国，心存正义，觉得事出反常，袁崇焕就算有二心，以他权势，怎会找一个木匠做奸细？
李若琏亲自审问，木匠见他言行刚正不阿，痛哭不已："捕营苦刑，叫如此说，不然驳回，当时夹死。我是山西人，在京作木匠，何曾到辽东？"李若琏据实汇报给崇祯皇帝，以解冤情。崇祯疑心病重，让锦衣卫刘侨再去审查。刘侨回来汇报木匠就是袁崇焕的奸细，而崇祯则相信了刘侨。结果木匠死，袁崇焕凌迟，李若琏官降两级。
可见此时的锦衣卫已是草菅人命、杀良冒功的"黑暗组织"，像李若琏一般保持正直的人，已是少之又少。1644年，闯王李自成进攻北京，又是李若琏坚守崇文门，城破，崇祯自缢煤山，明亡。国破家亡，李若琏留下绝命词："死矣！即为今日事；悲哉！何必后人知。"随后，自缢而死。
其他的锦衣卫全然没了往日的嚣张跋扈，逃的逃、降的降，少数头领投靠了南明小朝廷，但他们基本都是光杆司令，没了往日威风。明朝锦衣卫最后两位指挥使是洛养性与吴孟明，深受崇祯帝信任，把身家性命交给了他们，但是他们却深深辜负了崇祯。李自成进京，吴孟明逃跑，骆养性则向李自成投降，而且为表忠心，献上3万银子。
