在他最后接见臣下的时候，特意向大家说最近单独召见了五弟信王朱由检的信息，这是一种非常信息，就是要大臣们知道，自己去世后，大明交给弟弟了。因此这种打算也是完全出于无奈。
有野史记载，魏忠贤曾打算提前除掉朱由检，以此断绝他继位的可能，当与司礼太监王体乾商量时，他明确反对，并竭力阻止，因为他深知知朱由校的脾气："主上凡事憒憒，独独与兄弟夫妇间不薄，如有不测，我辈就没命了。"因此魏忠贤才停止计划。
重情重义朱由校，似乎传闻不虚。他与朱由检自幼一起长大，感情深厚，但是当时魏忠贤把持朝政，人人自危，信王朱由检常常也生活在战战兢兢之中，因此不得不作出淡泊权势的姿态："朱由检初虑不为忠贤所容，深自韬晦，常称病不朝。"在他被封为信王后，为了避祸，甚至给外界造成一种"衣冠不整，不见内侍，坐不倚册，目不旁视，不疾言，不苟笑"的外在形象。
而兄弟二人的最后相见时，朱由校直接对朱由检说："来！吾弟当为尧舜。"听了这话，朱由检沉默一阵后，回奏说："臣死罪，陛下为此言，臣应万死。"朱由校不容他推脱，只是嘱咐说，要做好两件事：一是"善视宫中"，二是"忠贤宜委用。"
