中学年纪恰恰是叛逆期，对于自己不感兴趣的事情坚决不做，朱由校确实这样，于是他把宫中俨然变成了一个专业的"木匠工作室"，每天关上门来与近臣探讨工匠技艺，"非平素亲昵近臣，不得窥视"。
于是宦官魏忠贤联合掌印太监王体乾，将重要政务全部包揽把持，每次都会在熹宗非常专注做木匠活的时候从一旁递交公文，这样的时候熹宗就会非常不耐烦地说："你们用心去行，我已经知道了。"
就是这样，他的青春在自己的后宫中专注于木匠活中耗尽，到了天启七年的夏天，朱由校的病情加重，甚至连木匠活也干不动了。当时的河南道御史倪文焕上疏："圣体欠安，是否起居失调？如果是这样，就应该讲求清心寡欲。" 一一个月后，臣僚听说年轻皇帝身体越来越差，因此在内阁首辅的带领下文武百官到宫门问安。朱由校在乾清宫召见了他们，御医将皇帝的健康情况对大臣们进行了简要通报，接下来，朱由校说："圣体素来虚弱，近来因辽东战事焦虑劳累，终于病倒。目前正在静心修养，凡事重大朝廷事务全由内阁与厂臣计议商榷用心赞襄。"
从智商来看，朱由校并非愚蠢弱智，但是由于没有子嗣，让他不得不进行身后事的安排，有传闻说，除了意外儿子被砸死外，其余的皇后或是流产，或是夭折，均是魏忠贤联合客氏所为，目的是为了长期把持朝政， "传闻忠贤与奉圣夫人（客氏）实有谋焉……是皇上亦不能保其第一子矣。"这时候，整个大明王朝就剩下他异母弟弟朱由检了。
