促使隋文帝将太子由杨勇换成杨广，独孤皇后起了莫大的作用。原因不是其他什么事情，也在于女人的问题。她不准丈夫多内宠，并用同样的态度对待儿子，也许她的本意不错，要丈夫、儿子把精力放在国家大事上，不要被儿女情长所误。然她的做法有些偏激，偏激得模糊了自己的眼光。
杨勇是个情种，他最爱的是情投意合的昭训云氏，还宠了不少嫔妃，独不喜欢母亲为他所娶的太子妃元氏。元氏心疾发作，仅两日就一命归西。独孤皇后怀疑是云氏所害，又怀疑是杨勇的怂恿，遂派人对他们进行暗察。暗察没有结果，可她对杨勇的感情却一落千丈。
极有心机的杨广，窥破母亲的感觉，趁机将自己伪装成一个不近女色的正人君子，冷落所有的嫔妃，只与王妃萧氏共处。两子相较，独孤皇后把感情的砝码放到了杨广身上。由此，杨广萌发了代太子而立的想法，在母亲的帮助下，终于把想法变成了事实。
独孤皇后死在隋文帝前两年，时为仁寿二年(公元602年)。没了正妻的约束，隋文帝开始同姿貌艳丽的宣华夫人陈氏、容华夫人蔡氏打得火热，从未纵过欲的他失去节制，以致纵欲过度，一病不起。在临终之前，他丢下了这样一句话:"假若皇后还在，我必不致如此。"
