二十一年（1593），王继光会兵进剿，抵达娄山关。杨应龙诈降，暗地遣兵据关冲杀。朝廷官军大败且死伤过半，王继光被革职。二十三年（1595），兵部侍郎邢玠命重庆知府王士请令杨应龙至綦江听勘。杨应龙缚献黄元等12人抵斩，并请纳银四万两助采木赎罪。朝廷允准，以其子杨朝栋代其职、次子杨可栋留渝作人质。
不久，杨应龙闻次子死，拒缴赎金。二十四年（1596），杨应龙派兵袭掠余庆、大呼、都坝，焚劫草塘二司及兴隆、都匀各卫，围黄平，戮重安长官家。二十五年（1597），他流劫四川江津、南川诸邑，袭击贵州洪头、高坪、新村诸屯，并侵扰湖广48屯，朝廷震怒。万历二十七年（1599），贵州巡抚江东之等率兵3000进剿。杨应龙令其弟杨兆龙、子杨朝栋至飞练堡迎战，官军无一生还，江东之被革职。
随着明朝援朝抗倭战事接近尾声，万历皇帝决心平定杨应龙叛乱。同年五月，李化龙再度出山，奉命节制川、黔、湖广三省军务，主持平播战事。杨应龙于官军集结前率兵八万陷案江，纵兵血洗綦江城。万历二十八年（1600）初春，明军兵分八路进军播州，总计二十万人。
其中一路总兵刘珽乃平倭名将，素有威名，令苗军闻风丧胆。他率军一直攻到了娄山关下。娄山关是杨应龙老巢海龙囤的门户，与海龙屯并称天险，易守难攻。但是，此地却被刘珽在四月至六月两个月内攻破。六月初六日，杨应龙见败局已定，与爱妾周氏、何氏关门自缢，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘。战役前后历时114天，官军斩杀杨应龙的部队2万人。万历二十八年（1600）十二月，李化龙班师回朝，并将杨朝栋等69人押解到京师，磔于闹市。至此，平播一战以完胜结束。
