杨应龙当时控制着经济发达的播州地区，拥有大量庄园和纺织作坊。势力坐大后，他理所当然地成了明王朝统治西南的潜在威胁。且杨氏历代统治播州，势力盘根错节，早有不臣之心。
而杨应龙认为四川官军弱不经战，对其非常轻视，久欲占据整个四川，独霸一方。他的居所雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是把自己当一个土皇帝。杨应龙为人狡诈多疑，好以诛杀立威，结怨甚深，所辖五司七姓不堪其虐，纷纷叛离。杨应龙还听信宠妾谗言，杀妻及岳母，妻叔张时照向明廷告其谋反。
万历十八年（1590），贵州巡抚叶梦熊也上奏揭露杨应龙的不法诸事，力主勘问。此时，松潘地区动乱不安，播州壮兵不断受调到外地协防，四川巡抚李化龙便奏请暂免勘问。可以说，在处理杨应龙一事上，黔蜀两省意见不一。
万历十九年（1591），叶梦熊重议勘问，奏请播州改派流官治理。李化龙与之相左，遭致怀疑与斥责。朝廷诏命黔蜀两省会勘，杨应龙当然愿赴蜀而不赴黔。二十年，杨应龙赴渝受审，依法当斩。时倭人进犯朝鲜，杨应龙请求献金赎罪并带兵征倭，朝廷允准。继任四川巡抚的王继光坚持严提勘结，杨应龙抗命不出，朝廷进而下令进剿。
