在铁木真的逼迫下，蔑儿乞人不断向西逃窜，而铁木真在他们的身后穷追不舍。只要有人胆敢接纳蔑儿乞人，铁木真便会将他们一并诛杀。
铁木真建号称汗后，将蔑儿乞人从漠北草原一直追到了欧洲的保加利亚附近。根据拉施特《史集》记载："少数活下来的人，有些犹在母腹之中，有些藏匿在亲戚处。"可以说，铁木真为了给妻子报仇，竟将这个曾经强大的部落彻底灭族了。而蔑儿乞人的西逃，也间接引发了成吉思汗西征，给中亚、西亚乃至于欧洲人带来了灭顶之灾。
虽然成吉思汗的复仇之箭紧紧地追随蔑儿乞人，但是，要想诛族灭种还真不是易事，即使强悍如成吉思汗者，也难做和彻底。
在成吉思汗的大规模追杀后，蔑儿乞惕部作为一个部族正式灭亡，但是，幸存者仍有。比如，有些蔑儿乞惕部人逃亡伏尔加保加利亚-钦察，有些逃亡克烈部，哈萨克汗国克烈部有蔑儿乞惕部人，有些逃亡卫拉特。其后，历史上还出现了几位非常著名的蔑儿乞人，比如元朝末年的那个非常有名的丞相脱脱，就是蔑儿乞人。
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