进入京师的一开始他便命令将早已拟好的''奸臣名单''计五十余人，列到榜上，张贴于朝堂，分列数等，悬赏捉拿。这些人被捉拿后，无一幸免。首当其冲的是倡议削藩的齐泰、黄子澄。
朱棣亲自进行审讯时，二人却仍然抗争不屈，后被整族杀害。后来，凡是与这五十人沾亲带故的统统定罪，并且顺藤摸瓜，甚至株连左邻右舍，包括所住村庄都赶尽杀绝。这次大屠杀，史书称之''瓜蔓抄''，先后被杀掉的人数甚至达数万人之多。
当然这其中，在建文帝时期的辅佐大臣，最著名的是文学博士方孝儒的死，他死时是最为悲壮的。
他是中国历史上最早被誉为''读书种子''。这一美誉是明成祖朱棣的高参姚广孝提出来的。姚广孝十分了解方孝孺，在破城之前，他就请求朱棣，称看重气节的方孝孺不会轻易归顺，希望手下留情不要加害，否则天下读书种子绝矣。《明史》记载：成祖发北平，姚广孝以孝孺为托曰：''城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。''
