而在明朝历史上，地方管理体系除了"两京一十三省"，还有众多的羁縻卫所。
羁縻卫所，是明朝在少数民族地区设立特殊的行政单位，保持或基本保持少数民族原有的社会组织形式和管理机构，实行少数民族首领自己管理。通过羁縻卫所的建立，明朝将自己的统治范围扩张到了边疆少数名族地区。其
中较为有名的卫所包括：在东北设置的奴尔干都司；在西北地区设置的赤斤蒙古、罕东、安定、阿瑞、哈密等六卫；在西藏地区设置的乌斯藏、朵甘卫都指挥使司、陇答卫指挥使司等。
通过卫所制度，明朝极大的拓展了势力范围和统治疆域，使得明朝在鼎盛时期，疆域范围达到了1100万平方米公里，远远超过了覆亡时的350万平方公里。
