而后锦衣卫指挥卢忠，告发负责照顾太上皇朱祁镇的太监阮浪密谋谋反，企图帮助朱祁镇复辟。朱祁钰正打算顺藤摸瓜，搞一票大的，可是事情牵扯到了太上皇，这让他很为难。商辂知道后，他是个聪明人，心里很快就有了自己的打算。他劝阻代宗，应该从同胞友谊和国家安定的角度来考虑，就此打住这件事情，这样对大家都好。这话代宗也听了进去，于是采纳了他的建议，把卢忠贬到了广西，这件事情就此结束。商辂用他的智慧，制止了一场宫廷内乱。
过了一段时间，河南开封、安徽凤阳发生灾荒，大批的灾民涌入山东临清、济宁一带，可是当地的官员却不愿收留他们，想要把他们驱逐出境。商辂心里明白，这么做很有可能激起民变，不如对他们进行招抚，把京师附近的荒田给他们，让他们自己开垦耕种，进行自救。这个建议同样得到了代宗的采纳，事实证明商辂是对的。
而后，商辂深得代宗的信任。
景泰四年，太子朱见济病逝，太子一位空了出来。群臣商量着再立一位太子，可是朱祁钰没有其他的儿子，大家就建议代宗复立被废掉的英宗之子重新为太子，可是代宗不同意。商辂顶着巨大的压力屡次上书代宗，建议复立废太子朱见深，更是亲手写下了《复储疏》，可是这么以来却引起了代宗的反感，使得代宗失去了对他的信任。
景泰八年，代宗病重。明英宗趁机联合石亨等人发动夺门之变，重新回到权力的中央。
