明成祖派安远候总兵柳升与都指挥刘忠统领，前来征讨。明军仗人多势众，包围了唐赛儿山寨。唐赛儿假作投降，乘机夜袭官军，明军大乱，刘忠战死，唐赛儿突围而出。唐赛儿部最后被山东都指挥佥事卫青（和西汉名将卫青同名）击溃消灭。
朱棣下令严察唐赛儿的行踪，但搜捕工作没有任何进展。民间搜不到，朱棣决定调整工作重心，把搜捕唐赛儿的重点放到了佛门。据《明史纪事本末》记载：朱棣因唐赛儿久不获，虑其削发为尼或处混女道士中，于是两次下令逮捕京师、山东境内的女尼和女道士，后又逮捕全国数万名女尼和女道士并虐杀数千人"。
为了避免更多无辜死亡的发生，唐赛儿主动投案，都知道朝廷对起义反叛的人绝对是手下不留情，为了起到杀鸡儆猴的作用，往往做法十分残酷。最终唐赛儿被判骑在木驴送往刑场凌迟处死，她被凌迟了上千刀，用了3天才断气。《明史》记载"妖妇唐赛儿反"，但在民间很多人把她当作了一个传奇的英雄人物，至今，青州、滨州一带仍流传著唐赛儿的传说，并把唐赛儿的塑像竖立在滨州黄河大桥上，以供人们瞻仰。
