直到后来，东江镇的主帅、大将毛文龙逝世，皇太极知道自己彻底占领明朝的机会来了，他带领大军绕过了宁锦防线，直攻京城。其实袁崇焕早就料到皇太极会从蓟门关进攻，奈何崇祯皇帝无视了他上书加强防御的要求。
清军只花了四天时间就打到了京城，崇祯皇帝这才慌了，好在这个时候各地勤王的军队及时赶到，在袁崇焕的指挥下，清军被阻挡在京城之外。他们一共组织了三次大规模的进攻，都没有突破袁崇焕的防线，于是皇太极想了一个办法。
皇太极用离间计来挑拨袁崇焕和崇祯皇帝的关系，再加上朝堂内魏忠贤的残党也一直在用毛文龙的事情指责袁崇焕，崇祯皇帝竟然信以为真，怀疑起了袁崇焕的忠心。于是崇祯皇帝竟然在大战期间将主帅下狱，导致军心涣散。
