至此，清朝完成了对蒙古全境的征服。
到现在就只剩下一个漠西蒙古，漠西蒙古势力主要就是准噶尔汗国。准噶尔汗国与漠北漠南蒙古诸部不同，它的存在影响了清廷对西域和西藏地区的统治，更关系到与沙俄之间的关系，故严重威胁到国家安全。
所以，对于准噶尔汗国，只能武力消灭。
准噶尔汗国很顽强，一直选择与清廷分庭抗礼。噶尔丹死后，他的侄子策妄阿拉布坦南下进占西藏，康熙派皇十四子胤禵亲征，阻止准噶尔势力进藏。后来和硕特部的罗卜藏丹津叛乱，被击败后又企图与策妄阿拉布坦勾结。噶尔丹策零继位后，又与清廷兵戎相见，期间清军还在和通泊等地遭致惨败。几个来回下来，清朝并没占太大便宜，双方只好签订和约，互不干涉。
