随着清朝的灭亡，政权的消失，清朝的禁卫军也应该被解散，但是袁世凯毕竟是清朝老臣，于是选择了保留清朝禁卫军，也就是说清朝的侍卫处和步兵统领衙门都被保留了下来。
步兵统领衙门其中的巡捕五营，随着20世纪初的改革，逐渐成为了北京的巡警，负责维护北京的治安。
至于其它部队，按照《清室优待条例》，禁卫军保留原编原饷，归陆军部编制，冯国璋继续兼统禁卫军。
1914年，禁卫军改编为北洋陆军第十六师，也就是这时候，清朝的禁卫军名称算是退出历史，不过其中的一个团负责保护暂居皇宫的清室，直到1924年溥仪被赶出宫才结束保护皇室的职责。后来军阀混战，北洋陆军十六师被军阀吴佩孚收编，但他选择了直接撤销其番号，于是这支清朝"禁卫军"算是正式退出历史舞台。
