关于朱允炆是否真的自焚而死，正史的记载模棱两可，《明太宗实录》记载，朱棣登基后，在给朝鲜国王的诏书上写道，"不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃"。《明史·成祖本纪》中同样记载着"宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中"。从这两个记载来看，朱允炆显然已经自焚而死。
然而《补本》中却记载道，"棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之"。《明书·建文皇帝本纪》中也记载道"上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫……因指烬中后骨以为上！"这两种记载则表明，朱棣只在火场中发现了皇后的尸体，却指着尸体言称这就是朱允炆，几天之后按照学士王景的建议，将其厚葬。
虽然史料出现了不同的记载，但根据《明史·胡濙传》的记载，朱棣曾在永乐五年（1407年）派遣胡濙"隐察建文帝安在"，可见朱棣是知道朱允炆逃走消息的，或者说至少没有明确发现建文帝的尸体，只是由于当时局势影响，他必须造成朱允炆已死的"事实"。
