不过，北海太守孔融认为太史慈是个奇人，便替太史慈奉养他的母亲。于是，当黄巾军管亥包围北海时，太史慈为了报恩，于是替孔融找来了救兵。这里发生了两件事，一件是太史慈用精湛的箭法，震慑了黄巾军，才能顺利出入被围城池。第二件事，太史慈见到刘备说明来意后，刘备的反应是"孔北海知世间有刘备耶！"立刻派三千精兵跟随太史慈。可见，孔融作为汉末名士大儒，被他看上的人是无比荣光呀，连刘备也不例外，而孔融不但知道太史慈，还接济过他的母亲，说明太史慈的名气在当时还是很牛的。
后来，太史慈投奔了刘繇，才有和孙策的神亭岭一战，但是刘繇被孙策击败后，太史慈并不是马上归附孙策，而是亡入山中，山越来附，俨然成为一方诸侯。而当时，孙策虽然平定了宣城以东，但是泾县以西都是在太史慈控制之下，直到孙策战阵中击败太史慈，才彻底让他归附。所以，太史慈不是以部将归附的，而是相当于小诸侯，带着人马地盘加入的。加入孙策阵营后，太史慈主要有两个功绩，第一，招抚了刘繇数万士兵，第二，被任命为建昌都尉兼治海昏，抵御刘表侄子刘磐和副将黄忠的侵扰。当时，韩当，周泰，吕蒙都当过剧县令长，皆是太史慈的部下。
可惜，太史慈不久后就去世了，年仅四十一岁，临终前大喊了一句"丈夫生世，当带七尺之剑，以升天子之阶。今所志未从，奈何而死乎！"《三国志》注引《吴书》这话不禁让人扼腕，也是太史慈存在感低的原因。因为，太史慈归附孙策时，六郡基本上已经平定。不久后，孙权继位（200年）一直到太史慈去世（206年），东吴基本上处于治理和平定山越，山贼的阶段，除此外，就是出兵讨伐江夏的黄祖了。而长沙的刘磐十分骁勇，黄忠后来还是蜀汉的五虎，整个东吴只有太史慈能牵制，自然不能参与和黄祖的战事了。等到东吴又开始新一轮的大战，太史慈已经去世，无法参与。
所以，太史慈是属于起点高，才能没有发挥得淋漓尽致的一位大将。反观东吴其他将领，四大都督就不用说了，其他的比如程普，黄盖，韩当等等无一不是参与过平定六郡之战，赤壁之战，江陵之战等等，还有甘宁，凌统等十二虎臣，就不一一列举了。因此，太史慈不是籍籍无名，但是也不属于那种声震天下的大将，不是能力问题，主要还是没能赶上东吴的几个节点的几场大战。
