王安石好像占了上风，但案件到此还未结束。
很快，王安石拜参知政事，开始主持变法。王安石变法引起了司马光等保守派强烈不满。于是他们又在阿云案子上做文章，不仅拒不执行庚子诏书，还把矛头直接对准了主持变法的王安石。
矛盾似乎愈演愈烈，卷入的官员越来越多。随着王安石变法的展开与大规模推行，变法与反变法的斗争也愈加尖锐激烈。
御史台、刑部的官员都支持司马光；翰林学士吕公著、韩维、知制诰钱公辅等纷纷倒向了王安石。两派似乎已经完全脱离了事件本身，而是围绕该不该变法，展开了唇枪舌剑。阿云也成了网红人物，从皇帝到大臣无不知晓。
