努尔哈赤尸骨未寒，后金内部发生了汗位继嗣之争，换句话说就是旗主之间的争夺，各旗主咱们上面都交代了。努尔哈赤临终之前，把他手上的正白旗、镶白旗给了多尔衮、多铎两兄弟。实际上形成了以四大贝勒：代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极；和四小贝勒：阿济格、多尔衮、多铎、济尔哈朗的旗主争夺战。
阿敏和济尔哈朗为舒尔哈齐子，属于旁支，不能争位。莽古尔泰鲁莽，曾弑杀其母继妃富察氏，也不能争位。当时多尔衮和多铎、阿济格三兄弟年幼，由生母阿巴亥照料。《北游录·纪闻下》记载：大妃"被宗室大臣勒令自尽"。阿巴亥死后，多尔衮与多铎、阿济格失去依靠无力争夺汗位。
汗位就在皇太极和代善之间争夺，代善虽为大贝勒，在努尔哈赤在世的时候，已经失宠，并被削夺一旗，无力与皇太极抗衡，皇太极兼领二旗，得众心，官兵精，智勇双全，战功独多，又得到正红旗旗主代善的推让，于是继嗣父汗登上大位。经过混编，皇太极把镶黄旗、正黄旗、正蓝旗作为上三旗。
