再到后来1854年东西伯利亚总督穆拉维约夫说"中国一旦发生政变，也不应容许中国新政府把权力扩张到蒙古，在这种情况下，蒙古应受到俄国保护"。这使得很多时候，蒙古都是在沙俄的唆使下，慢慢的变得独立，从而对落后的清朝有着一种看不起的状态。
20世纪初，面对外蒙古地区落后的经济状况和频繁的边疆危机，有着一些朝中大臣和一些开明的外藩蒙古王公便主张了设立学堂，发展经济等等。但是到了1911年底，外蒙古在俄罗斯的武力支持下宣布了脱离清政府的统治，成立了"大蒙古国"。对于这件事的发生，是清朝始料未及的，于是就想要派兵收复这块疆土，但是清朝已是末期，没有了什么实力，于是只能作罢。
一直到了后来清朝灭亡，中华民国的成立，后来有了一次机会的出现，那就是1919年俄罗斯内乱，民国政府派徐树铮率兵一度收复了外蒙古，但外蒙古独立势力羽翼已丰，1921年白俄匪军乘中国驻蒙军主力内调、驻蒙兵力单薄之机，再度入侵外蒙古，击溃中国守军，外蒙古再次宣布独立。
结果，这一年苏俄红军借口追击白俄军，派兵攻入外蒙古，并迅速歼灭了白俄匪军，并从此赖在外蒙古不走，并扶植乔巴山、苏郝巴托尔等一批卖国贼成立了非法的"蒙古人民共和国"！但是民国想要收回外蒙古的心没有停止，于是不断的发生一些战争。但是在时代的发展之下，民国时期的中国可是落后的，没有办法之下，在1946年1月5日，苏联威逼之下，民国政府被迫宣布承认外蒙古独立。从此之后，外蒙古再也没有回到中国的怀抱。
