后来，由于四川爆发保路运动，由于摄政王措施不当，四川就此发生暴乱，朝廷此时实在是没有办法，端方这才被重新启用，受命督办汉川鄂汉铁路，替这个末世王朝办一件最得罪人的大事。闲赋在家的袁世凯多次打电报给端方，叫他不要做此事，称病在家，不出一年，天下必有大变，现在最好跑到天津租界当愚公。而端方不听执意要前往是四川督办此案，端方觉得他无法置身事外。因为一旦四川局势恶化，势必导致湖广不安，但端方自然也不会一个人前往，摄政王没有给端方派遣一兵一卒。端方为了自身的安全从湖广总督那里讨了一个团的新军作为护军，然后就准备入川处理此事。
但端方到达资州就不走了，因为从四川传出了的消息是局势已经失控，自己带着一 个团根本无济于事，于是端方就在资州观望起来。但这个决定最终要了端方的性命，在资州端方还是做出了一定的举措，首先他做出的姿态是，对保路运动成员采取温和的态度，要求四川巡抚所有释放被捕人员。和平解决所有的问题，但在不断恶化的局势面前已经没有用了，四川现在已经是一壶沸水，各个团体越来越激进，停在资州等待消息的端方根本无法控制局面。
刚过没几天，武昌起义爆发。端方带着这一个团，实际上就是从武昌带出来的，老家一造反，这些士兵也就慌了神儿。一夜之间，这些士兵就剪了辫子，纷纷都要回家参加起义，也有要保护家人的。此时的端方已经失去了了控制军队的能力，不久，端方就和他的弟弟被士兵架的出来，端方对士兵说：我待你们不薄，士兵说那是私人，我们要求是回武昌，端方又说：你们的军饷银子马上就到，你们可以拿着银子就走，我们各奔东西，士兵们干脆就不说话了，不大一会儿士兵就把端方和他的弟弟按在板凳上砍了脑袋，然后装在了事先准备好的木匣里，带回了武昌。
实际上端方没有放过一枪一弹，但是他却在四川的资州被带去的新军士兵割下了脑袋。端方成为满清灭亡之际，名气最大的牺牲者，一个王朝的统治末期，最先丧命的往往是这个朝廷里最优秀的人才，端方和良弼都是这样的人。
