靖难之役发生后，谷王响应朱允炆的号召，回京帮助朱允炆，而刘璟也跟着回到了京城，并献上了十六策，只是并没有被采纳。紧接着，刘璟又跟随在李景隆身边参军事，刘璟再次献策，同样没有被采纳，刘景隆大败，刘璟趁夜渡过卢沟河，但是途中冰路裂开，马陷了进去，刘璟的脚也受了伤，只能冒雪跌跌撞撞走了三十里。
好在其子刘貊听说后赶来救父，才将刘璟带回了京师。而在京师，刘璟再次献上《闻见录》，但是依旧没有人理睬他，心灰意冷的刘璟回了乡。
靖难之变的结果就是朱允炆失踪，而朱棣登基。朱棣是知道刘璟的才能的，又因为刘璟是刘伯温的儿子，于是征召刘璟入朝为官，但是刘璟不肯应召，于是称病不至。朱棣哪容得了对方这么狂妄，他拖也要将刘璟拖到京师，强行将刘璟弄到了京师，即便如此，刘璟也不肯低头，并对朱棣说了一句大逆不道的话："殿下百世后，逃不得一'篡'字。"
本来就对刘璟一忍再忍的朱棣直接将刘璟下了狱，而刘璟也在狱中很快就自尽。当时负责的官员揣摩圣意，想将刘璟的妻儿连坐，但是朱棣考虑到自己刚登基不久，需要笼络人心，有因为刘伯温的关系，所以并没有将刘璟的妻儿连坐。
只是可惜了刘璟，本来是可以成为有所作为的一代名臣，但是生不逢时，遇到战乱，又不被重视，却因为忠直被朱棣所杀。刘伯温自己没有得到一个好的结果，他的两个儿子也没有好结果，父子三人全都不是自然死亡，这不能不说是一种悲剧，但话又说回来，在朱元璋的高度不信任和猜忌下，又有多少功臣能够善终呢？
