1900年八国联军打进北京，慈禧太后仓皇逃到西安。这时，不少趁火打劫的人相中了圆明园里的木头。他们将园内的木建筑拆毁，不少百年老树也被砍伐殆尽，甚至有人就地在院内建起炭厂，树枝、树根全被烧成木炭。据称，当时北京附近清河镇的木材市场十分繁忙，木料堆积如山，基本都是从圆明园运来交易。这次劫难被称为"木劫"，将火劫后仅存的建筑物和参天大树毁弃无余。此时，圆明园就只剩下山石和残垣了。
石劫："万园之园"成采石场
民国时期，军阀混战不已，他们又把手伸向了圆明园里的石头。据溥仪回忆，当时每天都会有军人押着10余辆大车来拉石头，而受损最严重的则是西洋楼景区的欧式建筑，方砖、屋瓦、墙砖、铜管道等都被络绎不绝的大车统统拉走。园内西北角的安佑宫为皇家祖庙，殿前两对华表十分精美。1925年，燕京大学一位牧师拆走了一对，所幸这对华表至今依旧耸立在北大西门教学楼前，而另一对华表则来到了北京图书馆门口。
