建安三年(198年)，刘备失去徐州，前来归附曹操。程昱劝曹操杀刘备，曹操不听。
建安四年(199年)，曹操派遣刘备至徐州截击袁术，程昱与郭嘉向曹操道:''明公前日不除掉刘备，如今更向他借兵，他必定会有异心的。''曹操后悔，但已追之不及。果然，袁术病死后，刘备去到徐州，杀车胄，举兵背反曹操。
建安五年(200年)，程昱迁为振威将军。当时袁绍在黎阳将移兵南渡，而程昱却只有七百兵守着鄄城，曹操知道危急，命人告诉程昱，欲加二千兵前往鄄城助守。程昱不肯接受，说道:''袁绍拥兵十万之众，自以为所向无前。他若见我领兵少，必不敢轻易来攻。但如果增加了我的士兵，过多则不可不攻，要攻之必克，只会两损其势。愿公不要怀疑!''曹操从之。袁绍闻程昱兵少，果然不敢进兵。曹操闻其事，向贾诩道:''程昱的胆略，超过孟贲、夏育啊。''
