后来绍武皇帝并没有将抗清这件事放在首位，而是先和永历皇帝打了一架，为了争夺谁是真正的南明正统，这两位南明皇帝居然在火拼。而清兵正在南下，很快攻破广州，绍武皇帝等人选择上吊自尽而死，值得一提的是，绍武政权只维持了一个多月。
南明最后一任皇帝叫做朱由榔，史称永历皇帝。朱由榔因为得到大西军的支持，所以这个政权坚持了很长一段时间，不过后来三王内讧，接着清兵大举南下，永历皇帝见大势已去，便逃到缅甸。
在1661年吴三桂率清军入缅，将永历抓了回来，并在第二年四月，吴三桂将永历等人绞杀在昆明，至此明统始亡。
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