由于夜不收军并非军队的正式编制，只是个军营自发临时组织的特殊兵种，因此在管理上没有严格的制度规范，常常由一军主帅直接调动。明朝中期之前，于谦、戚继光、俞大猷等一大批名将尚能重视利用好夜不收军，
但到了明朝中后期军队将领更多的只是欺世盗名之辈，再加上边防主帅的频频更换，导致军队情报系统长期处于停滞的状态，夜不收在军队中扮演的角色逐渐的边缘化。
而且夜不收军也不是军队唯一的情报部门，在与尖儿手、缉事军等其他情报部门合作的同时，他们之间也相互猜忌防范，因此如何在各种情报之中获得最准确有效的信息并及时调兵部署就显得极其重要。
但是明朝末期军队既没有名将统领，政令又很难统一，边防情报系统内部还争斗不断，夜不收军等情报部门在战争中基本上再无用武之地。
