明军有个裨将叫孙应龙，是耿仲明兄弟的朋友，他自夸能凭三寸不烂之舌，说服耿仲明逮捕孔有德献于明朝。明巡抚郑宗周听他这么一说，好不高兴，忙不迭地派给他两千兵马，命他由海道进军登州。兵临城下，孙应龙派人同耿仲明联系，耿仲明还真的答应做他的内应。于是，孙应龙带着两千兵马，分乘十余艘战船，向登州驰来。耿仲明按约定好的时间，打开了登州的水域，把这支舰队放了进来。孙应龙进了登州水城，好不得意，只顾与耿仲明说情论友，话别叙旧。忽然，一声炮响，无数只火把齐明，水上、岸上到处是耿仲明的部队。
孙应龙这才知道，自己被包围了。经过一番短兵相接的战斗，孙应龙全军覆灭。孙应龙本人也给老朋友取仲明杀了。耿仲明的欺诈和歹毒，激怒了朝廷。明师大军进伐，将登州团团围住。耿仲明左冲右突，只带领少数部队突围而去，他跑到清军的营中，被清朝封为总兵，他的部队被称为"天祐兵"。崇德元年（公元1636年），耿仲明被封为怀顺王。从此，他伐明朝，讨朝鲜，跟多尔衮入关内，随多铎追李自成，立了很多战功，被改封为"靖南王"。
