后来，北周武帝宇文邕觉得这是一个不可多得的人才，就让他担任了御正中士的官职（相当于皇帝的私人秘书），同时负责编修自己的起居注，刘行本没有让皇帝失望，不仅把活干的相当出色，而且从不将就，即便是在皇帝面前，也从不顾忌太多，对于自己看不惯的事情横加指责。有一次，皇帝办公，按照规矩，本来应该刘行本先拿御笔递给承御大夫，然后再由承御大夫转呈皇帝，结果那次不知什么情况，承御大夫没有经过刘行本，直接就要把笔拿给皇帝，结果刘行本一连怒色，来了一句："不能拿！"
这话一出，直接就把在场的人吓了一跳，皇帝立马问道："什么情况？"刘行本不慌不忙地解释："大家都得各司其职，都打破规矩乱来怎么得了？"宇文邕听了很是赞赏，把非但没有因为礼节问题为难刘行本，反而对他大加赞誉，此后，所有人都知道，这刘行本不是好惹的。
眨眼到了隋朝建立，刘行本也凭借自己的本事当上了谏议大夫，周围的面貌都焕然一新了，刘行本的刺儿头风格却丝毫未改，有一次，隋文帝被激怒，当着满朝文武的面责打一位犯错的臣子，把那人打得十分狼狈。周围的人虽然觉得这样做不够妥当，可面对天子的绝对威严，还是选择了事不关己，高高挂起，唯独刘行本不一样。他直接跳出来求情："这个人的声誉向来很好，又没有犯什么大的过错，还请陛下宽恕!"
