也是从这个时候开始，李世民再也不复从前的身强体壮，而李治也开始长时间的监国。表面上李世民和从前并没有什么两样，还是会到处巡视，还是会制定对外战事。在646年这一年，李世民在灵州巡视的时候，敕勒诸部落数千人到灵州拜见李世民，请求李世民做他们的天可汗。
但是身体确实已经不可避免的垮了，不得不需要长时间的保养，而且李世民还开始服食长生不老之药，这对他的身体又是一层摧残，也让他的脾气变了很多，比之从前更加易怒、更武断，也更加的感伤。
在646年的生日的那一天，他对着长孙无忌伤感地说不能承欢在父母膝下，说完竟忍不住流了泪。面对一个个老臣的去世，李世民也很是伤心，少不了哭一场。
与之相对的，在最后的这几年了，有两个人的被杀比较引人注目，其一就是凌烟阁功臣之一的张亮，因为养了五百名假子被李世民下令处死，即便大臣认为张亮"反形未具，罪不当死"，但李世民还是执意杀死了张亮；另一个被杀的就是李君羡，传说中替武则天去死的应谶之人，即贞观末期出现的"唐三代后，女主武王代有天下"的谶语，但李君羡实际上当时在华州的时候确实和别人有所谋划，被告发谋反，才被李世民所杀。
当然，另一个比较引人注目的事情则是大兴土木，李世民有风疾，本身就比较怕热，后来他的身体坏了之后，就更加怕热，遂将原先的破旧的宫殿重建了两座大型避暑宫殿，即翠微宫和玉华宫，徐惠为此还写下《谏太宗息兵罢役疏》，博得了李世民的欢心，但李世民也仅仅是赏赐了一下，并没有真的听从徐惠的建议。
但是在648年，李世民可能已经预感到自己的身体不会好了，写了《帝范》十二篇，交给李治学习，到了649年，又给李治安排了三个辅政大臣，即长孙无忌、褚遂良和李世绩。然后在这一年的五月，李世民病逝于翠微宫。
