正如明教在中原命途多舛一般，摩尼教在其诞生地波斯的发展同样一波三折。
相传，摩尼在建立摩尼教不久后，便被萨珊王朝视作威胁统治的宗教。为了防止摩尼教"蛊惑人心"，波斯国王在公元276年下令处死摩尼，并宣布摩尼教是异教。正如唐廷施行的灭佛运动一般，很多摩尼教徒都被波斯萨珊王朝迫害至死。还有一些摩尼教徒则向东逃到了中亚，加入到了中亚摩尼教团。
中亚摩尼教团是摩尼麾下弟子阿莫建立的，在中亚影响力十分广泛，唐明时期在中国发展的明教便是由中亚摩尼教团传来的。公元六世纪左右，中亚摩尼教团在撒特的领导下宣布脱离位于巴比伦的摩尼教总教，至此，中亚摩尼教团彻底与波斯摩尼总教分离。
换言之，传入中国的明教其实与波斯摩尼总教没有什么关联，而《倚天屠龙记》中提到的"明教隶属波斯总教"的说法也是不正确的。
中亚摩尼教团独立后不久，波斯的萨珊王朝便与拜占庭帝国发生了战争。因未战胜拜占庭帝国，加之势力削弱严重，萨珊王朝于公元651年为阿拉伯帝国所灭，波斯摩尼教彻底走向消亡。另一边，"明哲保身"的中亚摩尼教团也迎来了灭顶之灾。
