刘裕之所以屠杀司马皇族自然不是那么简单，实际上是他饱含深意做出的决定。魏晋南北朝以门阀士族为尊，当时比较著名的士族有陇西李氏、赵郡李氏、太原王氏、琅琊王氏、弘农杨氏、陈郡谢氏、清河崔氏等等。
而在这些士族当中则是涌现出了许多人才，比如曾经造反的王敦，率领八万晋军取得淝水之战胜利的谢安，他们之所以能够执掌大权靠的并非是杰出的个人能力，而是出身的门阀士族。
东晋王室偏安，因此世家大族实际上与皇帝共掌政权，所谓的"王与马，共天下"，"谢与马，共天下"也就是这个道理。而刘裕是什么人？往好听了说，他是汉朝后裔，往难听了说就是个寒门贱人。刘裕的父亲刘翘不过是个低级官员，工资勉强可以养家糊口，以至于刘裕不得不"织席贩履"来维持生活。
然而偏偏就是这么一个出身寒门的刘裕，却偏偏登上了晋王朝政治权力的最高舞台，主宰着整个东晋王朝。但是别看刘裕权高位重，实际上当时的世家大族却是根本看不起刘裕，甚至暗中准备反对刘裕，因为刘裕打破了规则，世家大族才应该掌握政权，寒门就老老实实的做贱民好了。
