不过人红是非多，孙蕡也是遭到了很多人的嫉妒，并且遭到了迫害，当时孙蕡是写了一首诗，但是有人是故意诬陷他，于是孙蕡就被关进了大牢，而那些和他联系密切的人，也是收到了牵连。不过孙蕡并没有一蹶不振，反而非常的乐观，他在大牢里也是经常写诗，而且写完后还经常念给其他人听，而孙蕡写的这些诗都是忠君之语，而朱元璋在听说这件事以后也是非常的高兴，于是就特赦了他。
孙蕡在回到官场以后是没有以前那么热情了，因为孙蕡在被人陷害以后是发现有很多黑暗的事情，所以孙蕡更多的时间是写写诗，到处游玩一下。不过孙蕡这样的行为在官场中显得十分的不合群，因为孙蕡做事十分的正直，不像他的那些同僚是整天的尔虞我诈，所以孙蕡是又收到了排挤，被人以莫须有的罪名举报，发配到了边疆。
孙蕡在这个时候已经对朝廷是绝望了，所以也没再想过什么回朝廷坐官，只想安稳的度过余生。但是孙蕡这么简单的愿望也是没能实现。当时是爆发了蓝玉案，可以说当时任何蓝玉案有关联的人朱元璋是都不放过，而蓝玉的家里是有一个孙蕡题诗的画，朱元璋是宣布将孙蕡处死。
而孙蕡在临死前也是绝望至极，于是是写下一首诗，诗是这样写的："鼍鼓三声急，西山日又斜。黄泉无客店，今夜宿谁家。"可以说这首诗读完以后是让人非常的伤心，透露出了孙蕡那种绝望的心情。而孙蕡死后没多久，这首诗是传到了朱元璋那里，而朱元璋看到这首诗以后觉着孙蕡真的非常有才华，后来朱元璋仔细想了想，也是觉着是冤枉了此人，于是非常的后悔。于是朱元璋是找到了当时的监斩官，因为朱元璋监斩官当时应该要上奏的，所以这个监斩官也是非常的惨，最后也是被朱元璋处死了。
