洪武二十年(1387年)， 冯胜、蓝玉、傅友德平定了盘踞在金山的纳哈出后，朱元璋再次对塞外的元朝残存势力用兵， 这就是第三次，也是最后一次大规模的对蒙元残余势力用兵。当年九月，朱元璋命蓝玉为征虏大将军，唐胜宗和郭英为左、右副将军，率兵 "肃清沙漠"。第二年四月，蓝玉率师自大宁至庆州(今内蒙古林西)，直至捕鱼儿海(今内蒙古新巴尔虎左旗西南即今贝尔湖)杀元太尉以下数千人， 元主脱古思帖木儿逃跑(元太子爱款识理达腊于洪武十一年死，弟脱古思帖木儿继立)。这一次用兵，明王朝收获巨大。
获其次子地保奴、吴王朵儿只、代王达里麻、平章八兰，将相官校三千人，军士男女七万七千余口，马四万七千余匹，牛羊十万头。
这是一次大胜利，从此以后，蒙古势力益趋衰微。脱古思帖木儿自捕鱼儿海遭明朝蓝玉所率军队的袭击后， 退往和林，行至土刺河，为其部将也速迭儿所缢杀。从此之后，蒙古内部混乱，互相争权夺利，无暇南下。
朱元璋在对蒙古用兵时，并不是一味的剿杀， 而是竭力的去争取蒙古各部的归附，对蒙古族的上层人物也根据不同情况予以任用。
