何真归降后，朱元璋并不介意他是前朝旧臣，反而对他十分信任，还升他为江西行省参知政事，后改任山东行省参政。在此期间，何真一直恪尽己守，虽谈不上什么汗马功劳，却也没犯过任何错。然而洪武九年，何真选择辞官归乡。
何真这个人"在官颇著声望，尤喜儒术，读书缀文。"他与宋濂、方孝孺等人颇为投契。不过这也可以看出，何真并非追求名利之人，所以他在前途一片光明的时候，反而选择致仕。
即使何真致仕，但朱元璋仍然很看好他。洪武十四年，朱元璋派傅友德、沐英率领大军出征云南。同时，又让何真及其次子何贵负责后勤供给，由此可见，朱元璋还是很信任何真的。
最终此战大获全胜，朱元璋命傅友德等人班师，留下沐英镇守云南。大军班师回朝后，朱元璋还升了何真的官。不过一年之后，何真再次致仕。这次朱元璋没有答应，反而又派他和儿子去广东办事。回来后，朱元璋授何贵明威将军、镇南卫指挥佥事，就连何真的侄子都有奖赏。
