自鸦片战争以后，中国就陷入到被列强入侵的局面。所以，在晚清时期，有一股非常重要的思潮就是抵抗外国人的入侵。义和团就是一个非常典型的例子。义和团提出的口号，就是"扶清灭洋"。
据一些人考证，义和团的起源，跟白莲教有千丝万缕的联系。也就是说，当时白莲教有可能已经转为对付外国人，而不再是造反对抗清朝。而义和团在八国联军侵华后，曾遭遇过重大打击。
慈禧跟为了跟外国人议和，又曾镇压过义和团。如果白莲教跟义和团有联系，必然也在被镇压的行列。这也是白莲教为什么会在晚清衰弱的一个可能的原因。
而且，在晚清的造反起义运动中，白莲教跟太平天国有太多的不同。所以，他们是否有加入到太平天国这场晚清最大规模的起义中，其实是一个很大的疑问。不过，自近代以后，白莲教便彻底的消失在大众眼中。或许它还在，或许它已经成为历史的云烟。
