公元86年，原疏勒忠又向康居王借了一些兵马，据守在损中，又暗地里与龟兹密谋，派人向班超诈降，班超看穿了他的诡计，于是将计就计，答应他投降。忠轻装简从来见班超，班超将其斩杀，又乘机击败他的部众。西域南道从此畅通无阻。
公元87年，班超调发于阗等属国士兵二万多人，再攻莎车国。龟兹王发遣左将军发温宿、姑墨、尉头合兵五万救援莎车。班超用调虎离山之计，趁莎车王大军外出设伏，大军直扑莎车国，斩杀五千多人，获得许多的马畜财物。莎车国只好投降。
公元90年，大月氏的副王谢率兵七万，东越葱岭攻打班超，敌强我弱，大家都很恐慌。班超决定以逸待劳，固垒坚守。果然月氏军粮草耗尽，派使者向龟兹求援，被班超的伏兵斩杀并将人头送往月氏军中。月氏只好请降，每年向汉朝进贡。
公元91年，龟兹、姑墨、温宿等国终于顶不住压力，向班超投降了。朝廷任命班超为西域都护，徐干为长史，废掉龟兹原来的国王尤里多，扶立白霸为龟兹王。班超便驻扎在龟兹它乾城。此时，西域诸国只剩焉耆、危须、尉犁三个国家因为曾经杀害西域都护陈睦，心怀恐惧，尚未归降。其余各国，都已平定。
公元94年，班超调发龟兹、鄯善等八个属国的部队共七万人，进攻焉耆、危须、尉犁三个国家。斩杀5千多人，俘获一万五千多人，斩杀焉耆王、尉犁王泛，只有危须王逃脱。班超另立元孟为焉耆国王，自此西域诸国，均重新归附于汉明。
班超率 36人深入西域腹地22年，恩威并用，以夷制夷，废立各国国王，安抚异域人民，使远夷和睦，异族同心，达到了施行讨伐，洗雪旧耻的目的。在班超70岁高龄，朝廷都不敢让其退休，因朝廷已经找不出第二个能震摄西域的人了。
