但是由于黄金家族分布世界各地，所以并没有完全的被消灭，蒙古帝国也没有就此消亡。在额色库不停的与阿鲁台和马哈木争夺最高宗主权的同时，残元末代皇帝额勒伯克的儿子本雅失里趁机复辟，宣布自己成为蒙古帝国的大汗，由于黄金家族的强大号召力，很快的整合了蒙古各散部和阿鲁台的力量。
但是明朝这边却并不希望见到这样一个局面，分散的蒙古各部不足为惧，但是一个整合的帝国却是大患。于是永乐大帝朱棣御驾亲征，直逼成吉思汗故地鄂嫩河上游平原，于1411年击败了本雅失里和阿鲁台的军队，再次使得黄金家族失去了作为大汗的权威。不久之后马哈木也趁机将他击败，夺取了汗位。
在夺得汗位后，本来一直和明朝交好的他卸下了伪装，果断的和明朝断交了。这种行为又惹得朱棣再次御驾亲征，这次虽然没有取得很好的战绩，但是却逼得马哈木逃走，使得蒙古大汗再次空缺了出来。这个时候一直在嫩江附近的科尔沁部首领阿台率领部众占领了蒙古中东部地区，并且在阿鲁台的支持下，杀死了本雅失里登上了蒙古大汗的位置。
明朝这边又开始头疼，于是不得不支持马哈木所在的卫拉特部于阿台争夺。但是这个时候的卫拉特部实力依旧空虚，黄金家族的后裔并没有急着消灭他，而是陷入了内部的争斗。直到1470年的时候，由于死的死，被暗杀的被暗杀，黄金家族仅剩下了一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延。
达延在母亲的辅佐下一步步的整合了各部的力量，同时他也是蒙古在位时间最长的大汗，在位73年。在他之后，蒙古帝国逐渐的稳定下来，但是无可避免的陷入了瓜分家族遗产的死循环中，蒙古帝国再次的分裂成无数的汗国。最后蒙古帝国被通古斯人（满人）建立的后金王朝所灭亡。
