明成祖朱棣迁都到北京后，取消了北京布政司，设立了北直隶，包括了现在的北京、天津和河北等地，但是明朝依然保留着南直隶，究其原因是因为明朝是历史上唯一北伐统一天下的王朝，北方经过了辽、金、元等四百多年的统治，"胡化"严重，不利统治。而南方则几乎没有受到战争的影响，因此，深耕南方，稳定南方，是必须要做的。南直隶的交通非常方便，而且还有京杭大运河，"两横一纵"的水路网络，当时的漕运成本非常低廉，强化了明朝对北方各地区的统治。
明朝末年，努尔哈赤在辽东建立后金，和明朝进行对峙，公元1644年，吴三桂引清军入关，至此明朝灭亡，满清顺势南下，制造了不少惨案，比如嘉定三屠等，南方的百姓面对清军的进攻，展示出了高尚的民族节气，这些人表现的精神，使得清朝统治者有了恐惧，而且南直隶的经济和文化都非常繁荣，清朝怕南直隶会造反，于是就想着从根本上瓦解南直隶。
根据南直隶的具体情况，清朝采取了拆分政策，公元1645年，清朝廷将南直隶改名为江南省，行政区划保持不变，分设左右布政使，此次改变使得南直隶不再享有帝都特权，也为日后拆分埋下了伏笔。公元1661年，拆分进入了实质性的工作阶段，清朝廷以长江为界限，人为的进行拆分，江南省名存实亡，六年之后，脱胎于江南省的江苏、安徽正式成立，驻地不变，左右布政使分别改为安徽布政使和江苏布政使。经过调整之后，清朝"十八行省"的行政格局基本形成，南直隶被安徽、江宁和江苏代替，南直隶彻底消失在历史长河之中。
南直隶从成立到取消一共经历了391年，经过了清朝四任皇帝的经营，共历时115年，才完成了对南直隶的拆分，可见南直隶的重要性，使得清朝统治者也不得不小心翼翼，直到今天，江苏、安徽、上海的经济和文化发展依旧排在全国前列，可以说，虽然被拆分了，但是南直隶注重发现经济和文化的传统依然在这三地传承着。
